| 木曽川 | ■大桑村、大桑堰堤より上・下流各110m ■上松町、桃山堰堤より上・下流各110m ■木曽町福島、中組の取水堰堤より上・下流各110m ■木曽町日義、新開発電所堰堤より上・下流各110m |
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| 王滝川 | ■木曽町福島、木曽ダムより上流90ｍ・下流275m ■木曽町三岳、常磐ダムより上流90ｍ・下流275m ■木曽町三岳、牧尾ダム堰堤より上流550m ■王滝村、滝越ダム堰堤より上流90m・下流200m ■王滝村、三浦ダム堰堤右岸上流500m地点と、同左岸上流200m地点とを結ぶ線から下流のたん水域 ■王滝村、水無沢水位測点5号より上流の三浦ダムたん水域 |
| 赤沢 | ■全域 |
| 黒川 | ■木曽町福島、黒川ダム堰堤より木曽川合流点まで |
| 水木沢 | ■木曽郡木祖村小木曽の笹川合流点から上流の水木沢全域 |
| 味噌川 | ■味噌川ダムより上流600m・下流550m ■貯砂ダム下流65mより上流全域 |
| 坪川 | ■田立の滝より上流全域 |
| 椰野沢 | ■南木曽町読書の木曽川合流点から上流の椰野沢全域 |
| ①木祖村 | 木曽川、川の駅エリア内0.26km ※漁期／毎年3月1日～9月30日 |
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| ②木曽町福島 | 八沢川、木曽川合流より上流0.7km ※漁期／毎年3月1日～9月30日 |
| ③大桑村 | ・上田沢川、長野弓矢組を基点とし村道長野線と交差まで0.95km ※漁期／毎年3月1日～9月30日 ・サヨリ沢川、長野東組を基点とし、村道長野線沿い上まで1km ※漁期／毎年3月1日～9月30日 |
| 木曽郡木曽町新開の黒川 | 黒川、上小川合流点より上流の上小川200ｍ、黒川300ｍまでの区域 |
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